ארגון הג'יהאד האסלאמי – שעמד בלב סבב הלחימה האחרון ברצועת עזה, מבצע "עלות השחר" – נוסד רשמית בשנת 1987 בידי שני סטודנטים עזתים, פתחי שקאקי ועבד אלעזיז עודה. שני המקימים אימצו את עקרונות הג'יהאד של המנהיג העליון של איראן, האייתוללה חומייני, ואת הרעיון שיש לשחרר את פלסטין באמצעות מאבק מזוין.

הזדהותו של הארגון עם המהפכה האסלאמית של איראן הובילה את טהרן לתמוך בו מבחינה צבאית וכלכלית. איראן מממנת את מתקפות הטרור של הארגון כלפי ישראל, ומשמרות המהפכה האיראניים מכשירים את פעיליו מבחינה צבאית. למעשה, הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני נחשב זרוע ביצועית של איראן ברצועת עזה. בכירי ההנהגה המדינית־פוליטית שלו חיים בסוריה, בלבנון ובאיראן, מה שמחזק את הקשר בין הג'יהאד האסלאמי לחיזבאללה הלבנוני ולארגון חמאס. המחשה למידת הקרבה של הג'יהאד למשמרות המהפכה ולאיראן ניתנה גם בזמן מבצע "עלות השחר": המזכיר הכללי של הארגון, זיאד נח'אלה, שהה בטהרן וסיפק משם את ההצהרות הלוחמניות נגד ישראל.

בכירי הארגון הם ילידי רצועת עזה, ובה עיקר פעילותו ומיקודו. המנהיגות העליונה שיושבת בטהרן, בדמשק ובביירות מעניקה תמיכה ומספקת את ההנחיות הגדולות והאסטרטגיות, והן מיושמות בשטח על ידי מפקדי הארגון והפעילים. מבט מעמיק על הארגון לאורך השנים מלמד על ניסיון להרחיב את ההשפעה גם ליו"ש וליצור איום על הערים המרכזיות בישראל. מדיניות החיסולים של ישראל מביאה לתחלופה מהירה בצמרת.

פתחי שקאקי נולד ברפיח, ובשנת 1974 יצא ללמוד רפואה באוניברסיטת זקאזיק בקהיר. הוא סיים את לימודיו בשנת 1981 בהתמחות ברפואת ילדים ואף שימש מתמחה בבית החולים אוגוסטה ויקטוריה בירושלים, אבל מתקופת לימודיו לקח איתו בעיקר את ההתקרבות לאחים המוסלמים ולאידיאולוגיה האסלאמית הקיצונית. באמצע שנות השמונים נטש את האחים המוסלמים לטובת התקרבות לאיראן ולמהפכה האסלאמית שהתרחשה .1979־ב בשנת ,1988 במהלך האינתיפאדה הראשונה, גורש שקאקי ללבנון. הוא התמקם במחנה הפליטים הפלסטיני ירמוך הסמוך לדמשק, והפך למנהיג הבלתי מעורער של הג'יהאד האסלאמי. בשנת 1995 חוסל במלטה בפעולה מיוחדת המיוחסת לישראל.

חברו לגרעין המייסדים, עבד אל־עזיז עודה, נולד בג'בליה שברצועת עזה ולמד לימודי אסלאם בקהיר. השייח' עודה, כפי שהוא מכונה, מילא את התפקיד הרוחני בתנועה. הוא שימש סמכות ההלכתית של הארגון, כיהן כשייח' ואימאם במסגד ברצועת עזה, והשתתף בהקמת רשת של מסגדים, גני ילדים, מועדוני נוער ומוסדות צדקה.

ישראל גירשה את עודה מרצועת עזה בשנת .1988 הוא שהה מעט במצרים, ובהמשך הגיע ללבנון. לפני האינתיפאדה השנייה חזר לרצועת עזה, התקרב דווקא לארגון פת"ח ואף נבחר לתפקיד באחד ממוסדות הארגון. המהלך לא התקבל בעין יפה בקרב הנהגת הג'יהאד האסלאמי, שראתה בו סוטה מהדרך והוקיעה אותו מהארגון. עודה חי כיום ברצועת עזה.

לאחר חיסולו של פתחי שקאקי בשנת ,1995 בחרה הנהגת הג'יהאד האסלאמי ברמדאן שלח למזכ"ל הארגון. שלח נולד בשכונת שג'אעיה בעזה, ונפגש עם שקאקי באוניברסיטת זקאזיק במצרים. גם הוא נמנה עם הגרעין המייסד של הג'יהאד האסלאמי, ובין השאר ערך את ביטאון התנועה. בראשית שנות התשעים עשה שלח דוקטורט בכלכלה באוניברסיטה בריטית, ולאחר מכן היגר לארה"ב ושימש ראש "המרכז לחקר האסלאם והעולם" בפלורידה, ומרצה בחוג ליחסים בינלאומיים באוניברסיטת דרום פלורידה. חמש שנים מאוחר יותר נבחר למזכ"ל ארגון הג'יהאד האסלאמי, ועבר להתגורר בדמשק. 2018־ב התפרסמו ידיעות על החמרה במצב בריאותו. אחרי ניתוח שהסתבך בבית החולים של חיזבאללה ברובע הדאחייה בביירות והתקף של שבץ מוחי, מת שלח והוחלף בידי סגנו זיאד נח'אלה.

נח'אלה נולד ברצועת עזה .1953־ב בשנת 1971 נעצר בידי ישראל בשל מעורבותו במעשי טרור. הוא נשפט ונגזר עליו מאסר עולם, אך אחרי 14 שנה שוחרר 1985־ב במסגרת עסקת ג'יבריל. עם שחרורו מהכלא הורה לו פתחי שקאקי לחזק את הפעילות הצבאית של הג'יהאד האסלאמי ולהקים את פלוגות אל־קודס. 1988־ב גורש שוב ללבנון, ו־ב־8102 ירש כאמור את מקומו של מזכ"ל הארגון הקודם, רמדאן שלח.

נח'אלה היה שותף לשיחות שקיימו המצרים עם הארגונים הפלסטיניים להשגת הפסקת אש במבצע עמוד ענן .2012־ב בזמן מבצע צוק איתן ,2014־ב ביתו ברצועת עזה הותקף. הוא נע על הציר שבין ביירות, דמשק וטהרן, ונחשב לבעל קשרים וטובים עם ההנהגה באיראן ועם הזרוע הצבאית של משמרות המהפכה. הוא עמד בקשר קרוב עם מפקד כוח קודס קאסם סולימאני, שחוסל בידי ארה"ב בעיראק .2020־ב

מוחמד אל־הינדי הוא אחד האישים הוותיקים והדומיננטיים של הג'יהאד האסלאמי ברצועת עזה. הוא מכונה לעיתים יו"ר הלשכה המדינית של הארגון, ונחשב לפנים שלו ברצועה. כאיש אקדמיה הוא מרבה לכתוב ולהתראיין בתקשורת. אל־הינדי נולד 1955־ב ברצועת עזה, ובה הוא מתגורר עד היום. 2019־ב נוסף שמו לרשימת הטרור של הממשל האמריקני. אחיו, ח'אלד אל־הינדי, הוא ממייסדי ארגון חמאס.

בכיר נוסף בארגון הוא ח'אלד אל־בטש. נולד 1961־ב במחנה הפליטים ג'באליה, במהלך שנות השמונים למד באוניברסיטאות במצרים ובלבנון, ואז הצטרף לג'יהאד האסלאמי. מתוקף מעמדו הבכיר הוא השתתף כמה פעמים בשיחות הרגיעה העקיפות עם ישראל בתיווך מצרי. בעבר נעצר כמה פעמים בידי ישראל והרשות הפלסטינית, ועל פי דיווחים פלסטיניים נכלל ברשימת החיסול של ישראל.

חבר אחר בלשכה המדינית של הג'יהאד האסלאמי, וסגנו של נח'אלה, הוא אכרם אל־עג'ורי. הוא נהנה מיחסים טובים עם הגורמים השונים בארגון ועם שאר הפלגים הפלסטיניים, ונחשב דמות חזקה ביותר בתנועה, נוכח השפעתו על בכירי הארגון ועל בכירי ארגונים אחרים ברצועה. הוא נהנה מקשרים מצוינים עם כוח קודס של משמרות המהפכה האיראניים ועם ארגון חיזבאללה. אלעג'ורי מתגורר בסוריה, ועל פי דיווחים זרים, בנובמבר 2019 הוא ניצל מפגיעת טיל ישראלי על ביתו, שבה נהרג בנו. אל־עג'ורי אחראי לפעילות הזרוע הצבאית של הג'יהאד האסלאמי, פלוגות אל־קודס, בתחומי רכש, אימונים, קשרים מודיעיניים וקשר אסטרטגי עם איראן.

פלוגות אל־קודס נוסדו 1981־ב בהוראת פתחי שקאקי. מדובר בגוף החמוש השני בגודלו ברצועה, אחרי הזרוע הצבאית של חמאס, גדודי עז א־דין אל־קסאם, אם כי בין הארגונים קיימים פערי כוח גדולים, לטובת חמאס כמובן. במהלך שנות קיומן של פלוגות אל־קודס התחלפו מפקדיהן שוב ושוב, בעיקר בעקבות חיסולם בידי ישראל בסבבי הלחימה השונים.

רבים מהבכירים בזרוע הצבאית נחשפים ככאלה רק לאחר חיסולם. ההיררכיה בזרוע הצבאית לא ממש ברורה ומסודרת, מה שגורם לפרשנים להמעיט לעיתים בהישג של חיסול בכיר כזה או אחר בזרוע הצבאית, המוחלף באופן מיידי במפקד שטח אחר.

החשש הקבוע מחיסולים, בשילוב הלוחמה הפסיכולוגית, הם הסיבה לכך שהדובר הרשמי של פלוגות אל־קודס, הידוע בכינויו "אבו חמזה", מקפיד להופיע ולאיים על ישראל כשפניו מכוסות בבד שחור ועיניו מציצות מתוך חרך קטן. לדברי הפלסטינים, "אבוחמזה הוא אחד המבוקשים הבכירים של ישראל, משום שהוא משמש עורק מרכזי של הלוחמה הפסיכולוגית והתקשורתית של הג'יהאד נגד ישראל".

בהא אבו אל־עטא נולד בשכונת שג'אעיה בעזה. הצטרף לג'יהאד האסלאמי ,1990־ב וב־7002 עבר הכשרה מבצעית בסוריה. שנה לאחר מכן מונה למפקד חטיבת עזה ובהמשך למפקד החטיבה הצפונית של פלוגות אל־קודס. היה מופקד על ייצור אמצעי לחימה ורקטות.

ניסיון לחסלו באמצעות ירי מהאוויר במהלך מבצע עמוד ענן כשל, וב־9102 חוסל במסגרת מבצע חגורה שחורה. הוא היה אחראי לפיגועי ירי, שילוח רחפנים ושיגור רקטות לישראל.

חליל אל־בהתיני הוא מפקד בכיר בזרוע הצבאית של הג'יהאד האסלאמי, ואחראי לפעילות הארגון בעיר עזה. הוא שותף בקבלת החלטות על הסלמה צבאית, ומתנגד נחרץ להסכמי הפסקת אש עם ישראל. על פי חלק מהמקורות הוא היה מקורב לבכיר הג'יהאד בהא אבו אל־עטא, וכיום הוא נושא בתפקידים רבים שאל־עטא הותיר אחריו עם חיסולו.

במבצע האחרון הצטרפו לרשימת המחוסלים של פלוגות אל־קודס מפקד החטיבה הצפונית תייסיר ג'עברי ומפקד החטיבה הדרומית ח'אלד מנסור. ג'עברי חוסל ביומו הראשון של המבצע. הוא היה חבר המועצה הצבאית של פלוגות אל־קודס ומפקד מרחב צפון ברצועת עזה מטעמה. ג'עברי שימש בעבר יד ימינו של ראש הג'יהאד האסלאמי, ראש מחלקת מבצעים של הארגון ברצועת עזה ואחראי התיאום עם ארגון חמאס. הוא היה מודע לכך שישראל מחפשת אחריו, וחוסל בעת ששהה בדירת מסתור עם בכירים נוספים בארגון.

ח'אלד סעיד מנסור נולד ברפיח ,1976־ב והצטרף לארגון באינתיפאדה הראשונה .1987־ב באינתיפאדה השנייה בשנת 2000 הוא קודם לדרגת פיקוד, ומאז תרם לפיתוח התשתית הצבאית וארסנל הנשק של הארגון, בייחוד מתוצרת מקומית. מנסור שרד בכמה ניסיונות חיסול, האחרון במהלך מבצע צוק איתן .2014־ב הוא נחשב לאחר מעמודי התווך של הזרוע הצבאית של הג'יהאד האסלאמי, וכאשר קיבל את הפיקוד על אזור הדרום של פלוגות אל־קודס הפך למטרה קריטית בעבור ישראל.

פעילות הג'יהאד האסלאמי מתרכזת ברצועת עזה, אך גם ביהודה ושומרון ישנם קינים של הארגון, בעיקר בג'נין, שבה יש לארגון נוכחות חזקה, בטובאס שליד שכם, וקצת בירושלים, ביריחו ובבית־לחם. מי שניסה לשנות את המשוואה ולעשות נפשות לארגון ביו"ש הוא השייח' בסאם סעדי מג'נין, שמעצרו הוביל למתיחות ולמעשה הקדים את היציאה למבצע "עלות השחר", היה אמון על הפצת משנת הג'יהאד האסלאמי ביהודה ושומרון וכונה מנהיג הג'יהאד ביהודה ושומרון. לפי שב"כ, סעדי פעל ביתר שאת לשיקום פעילות הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני ולבניין הכוח הצבאי של הארגון בשומרון בכלל ובג'נין בפרט. סעדי, בן ,62 שהה יותר מ־51 שנים במצטבר בכלא הישראלי, בשבעה מעצרים שונים. 1992־ב גירשה אותו ישראל ללבנון במסגרת גירושם של 415 פעילי חמאס וג'יהאד אסלאמי, בעקבות חטיפתו ורציחתו של שוטר משמר הגבול נסים טולדנו. לאחר חזרתו לג'נין המשיך בפעילות הטרור. שניים מבניו שהמשיכו בדרכו חוסלו ,2003־ב וגם אשתו ישבה שלוש שנים בכלא. השבוע נעצר עם חתנו במחנה הפליטים ג'נין. אחד מתנאי הפסקת האש שהציבו בג'יהאד היה הדרישה לשחררו ממאסר. ישראל כמובן סירבה.

בסקרי דעת הקהל שמתקיימים בעשור האחרון ברשות הפלסטינית מקבל הארגון 2 אחוזי תמיכה בלבד. מעמדו הציבורי הרעוע מתבטא גם בבחירות לאגודות הסטודנטים באוניברסיטאות. הג'יהאד האסלאמי חזק בעיקר במוסדות איסלאמיים כמו אוניברסיטת חברון, האוניברסיטה האסלאמית בעזה, ביר־זית וא־נג'אח שבשכם. תא הסטודנטים של הג'יהאד מצליח להכניס צירים במועצות האלו, אבל אף פעם לא לשלוט בהן.

רבים מבכירי הזרוע הצבאית נחשפים ככאלה רק לאחר חיסולם. ההיררכיה בתוך הארגון לא ברורה, מה שגורם לפרשנים להמעיט בהישג של החיסול